Iskusstvo nindzyutsu poyavilos i rastsvelo v Yaponii vo vremena feodalnikh usobits, dlivshikhsya tam bolee 700 let podryad.
U kazhdogo feodala imelis na sluzhbe spetsialisti osobogo naznacheniya, kotorie sozdavali shpionskie seti v drugikh knyazhestvakh dlya polucheniya informatsii o zamislakh ikh vlastitelei. Oni zhe provodili razlichnie podrivnie meropriyatiya — podzhogi, otravleniya, pokhishcheniya i ubiistva, rasprostranyali lozhnie slukhi, podbrasivali falshivie dokumenti, chtobi sbivat vragov s tolku, seyat mezhdu nimi razdori.
Osobennost tainoi voini v etoi strane zaklyuchalas v tom, chto podobnie zadachi, soglasno gospodstvovavshim predstavleniyam o morali, dolzhni bili reshat ne samurai (sluzhiloe soslovie), a predstaviteli klanov, nakhodivshikhsya kak bi za predelami obshchestvennoi ierarkhii, ne podchinyavshikhsya obshcheprinyatim normam. Ikh prezirali, nenavideli i boyalis, no poka shli voini, oboitis bez nikh ne mogli