Viena iš žmogaus veiklų, kuri stipriai veikė upių ekosistemas yra natūralių upės vagų tiesinimas. XX amžiuje didelės dalies mūsų šalies upių vagos buvo tiesinamos vykdant žemės sausinimo darbus, įrengiant melioracines sistemas. Tuo metu buvo nusausinta apie 80 proc. dirbamos žemės. Todėl daugelis natūralių, per ilgą laiko tarpą susiformavusių Lietuvos upių buvo paverstos kanalais ir melioracijos sistemų dalimis. Toks upių pertvarkymas smarkiai pakeitė jų ekologinę būklę, dalis rūšių sunyko, nes išnykus dideliems šlapynių plotams, jos nesugebėjo atkurti buvusių populiacijų genofondo, pasikeitė augalų bendrijų rūšinė sudėtis ir struktūra, išplito invazinės rūšys.