Biodyzelinas gali būti gaminamas iš labai įvairių žaliavų. Šios žaliavos apima dažniausiai pasitaikančius augalinius aliejus (pvz., sojų pupelių, medvilnės sėklų, palmių, žemės riešutų, rapsų, saulėgrąžų, kokosų) ir gyvūninius riebalus (dažniausiai taukus), taip pat panaudotas alyvas (pvz., panaudotus kepimo aliejus). Žaliavos pasirinkimas labai priklauso nuo geografijos. Priklausomai nuo žaliavos kilmės ir kokybės, gali tekti keisti gamybos procesą. Biodyzelinas maišosi su dyzelinu visais santykiais. Daugelyje šalių dėl to vietoj gryno biodyzelino naudojami biodyzelino ir dyzelino mišiniai. Dažnai mišiniai su dyzelinu žymimi tokiais akronimais kaip B20, kuris reiškia 20% biodyzelino ir dyzelino mišinį.