Vienas svarbiausių medicinos filosofijos studijų tikslų - kritinio mąstymo ugdymas. Kritinis mąstymas apima priežasčių nustatymą, savianalizę ir veiksmus žinių, savo paties pasaulio pažinimo aspektais. Naudojantis kritinio mąstymo metodu bus analizuojamos ir vertinamos įvairios medicinos ir sveikatos priežiūros situacijos, reikalaujančios filosofinio mąstymo.