Вторая крупная работа Фуко — «Рождение клиники: Археология врачебного взгляда» (Naissance de la clinique: une archéologie du regard médical, 1963), в которой прослеживалось появление клинической медицины в период Великой французской революции. Появление клиник коренным образом меняет подход врача к объекту лечения. Болезнь абстрагировалась от самого индивида. Максимально приемлемой средой для её медицинского изучения была семья. К тому же, пребывание больного индивида в семейном кругу снимало с общества дополнительную нагрузку и необходимость заботиться о нём. Но со временем общество прониклось убеждением о необходимости самого широкого распространения медицинских знаний. Когда стало понятно, что классификаторскому образу мышления не справиться с феноменом эпидемических заболеваний, появилась необходимость в статистическом стиле мышления. Клиника становится областью научного знания, которое формируется на основе метода непосредственного наблюдения за болезнью. Объектом изучения оказывается больной, то есть тело, в котором присутствует болезнь. Благодаря проведению вскрытий, развивается патологическая анатомия. Тело рассматривается как состоящее не только из органов, но ещё и из тканей, в которых могут проявляться отклонения. Болезнь становится патологией. Меняется и отношение к смерти. Смерть — это уже не разложение живого организма, но это анализ, позволяющий узнавать о жизни. Отношение к последней тоже трансформировалось. Жизнь не является формой организма, в противоположность прежнему мнению. Это организм оказывается видимой формой жизни. Первые десятилетия XIX века становятся временем заката «медицины болезней» и рождением «медицины патологических реакций». Клиническая медицина приводит западную науку к новому объекту, а именно — к человеческому индивиду.